Un médico autónomo en España tributa por IRPF en estimación directa, presenta IVA solo por su actividad no exenta, y está obligado al modelo 130 salvo que el 70% de sus ingresos lleve retención. Esta guía explica cada obligación con ejemplos reales.

Tabla Resumen de Obligaciones Fiscales del Médico Autónomo

| Modelo | Qué es | Plazo de presentación | Quién debe presentarlo | |---|---|---|---| | Modelo 100 | Declaración Anual de IRPF (Renta) | De abril a junio del año siguiente | Todos los médicos autónomos con rendimiento neto. | | Modelo 130 | Pago fraccionado a cuenta del IRPF (20% del rendimiento neto) | Trimestral (del 1 al 20 de abril, julio, octubre y enero) | Exento si más del 70% de tus ingresos de actividad llevan retención fiscal previa. | | Modelo 303 | Autoliquidación del IVA (21%) | Trimestral (mismos plazos que el 130) | Solo obligatorio si realizas medicina estética con fines estéticos, peritajes o docencia. | | Modelo 390 | Resumen anual de IVA | Anual (del 1 al 30 de enero del año siguiente) | Todos los que hayan estado obligados a presentar el Modelo 303. | | Modelo 347 | Declaración de operaciones con terceros (>3.005,06 €) | Anual (durante el mes de febrero) | Médicos que facturen a clientes (mutuas, clínicas) o paguen a proveedores más de este límite. |

1. ¿Cómo tributa un médico autónomo en España?

La actividad de los profesionales sanitarios por cuenta propia está considerada por la Agencia Tributaria (AEAT) como una Actividad Económica de carácter profesional. Específicamente, se encuadra en el Grupo 831 (Médicos de Medicina General y Especialistas) o Grupo 832 (Odontólogos y Estomatólogos) de las tarifas del Impuesto sobre Actividades Económicas (IAE).

Estimación Directa: El régimen por defecto

Por ley, a menos que se facture una cantidad desorbitada que obligue al régimen general, los médicos tributan bajo el régimen de Estimación Directa Simplificada (para facturaciones inferiores a 600.000 € anuales).

Bajo este sistema, tus impuestos no se calculan en base a tu facturación total bruta, sino sobre tu rendimiento neto, que se calcula mediante una fórmula muy sencilla:

$$\text{Rendimiento Neto} = \text{Ingresos de Explotación} - \text{Gastos Deducibles} - \text{5\% de Gastos de Difícil Justificación}$$

(El porcentaje de gastos de difícil justificación está topado por ley a un máximo de 2.000 € anuales en la estimación directa simplificada).

La diferencia al facturar a pacientes, mutuas o sector público

La procedencia de tus ingresos determina de forma directa cómo debe ser tu facturación y qué retenciones debes aplicar:

  1. Pacientes privados directos (personas físicas): Tus facturas a pacientes privados están exentas de retención de IRPF. Cobras el importe íntegro del servicio.
  2. Mutuas médicas, clínicas privadas o aseguradoras (personas jurídicas): Cuando prestas servicios para una entidad jurídica o clínica privada, estás obligado a aplicar una retención del 15% de IRPF en tu factura (o una retención reducida del 7% durante el año en que inicias la actividad y los dos siguientes, según el art. 95.1 del Reglamento del IRPF). La aseguradora o clínica retiene ese porcentaje y lo ingresa a Hacienda en tu nombre.
  3. Sector Público (hospitales del Servicio de Salud, peritajes judiciales públicos): Funciona igual que las personas jurídicas; se debe emitir factura con la retención del 15% correspondiente.

Tabla: Tramos estatales de IRPF aplicables en 2026

El IRPF es un impuesto progresivo. A mayor rendimiento neto (beneficios), mayor es el tipo impositivo marginal que se te aplica. Los tramos base son los siguientes:

| Base Liquidable | Tipo Impositivo Marginal (Estatal + Autonómico Medio) | |---|---| | Hasta 12.450 € | 19% | | De 12.450 € a 20.200 € | 24% | | De 20.200 € a 35.200 € | 30% | | De 35.200 € a 60.000 € | 37% | | De 60.000 € a 300.000 € | 45% | | Más de 300.000 € | 47% |

(Nota: El tipo impositivo real varía ligeramente según la comunidad autónoma de residencia, ya que el tramo autonómico puede ser superior o inferior, por ejemplo en Madrid con tipos más bajos o en Cataluña con tipos marginales máximos que pueden llegar al 50%).

2. ¿Qué impuestos y modelos tengo que presentar como médico autónomo?

Llevar el calendario fiscal al día es vital para evitar recargos y sanciones de la AEAT. Estos son los modelos que marcarán tu año:

El Modelo 130: El pago fraccionado del IRPF

El Modelo 130 es una declaración trimestral donde adelantas a Hacienda el 20% de los beneficios acumulados desde el 1 de enero.

[!IMPORTANT] La regla del 70% de exención: Si en el año anterior (o en el trimestre actual si estás empezando) más del 70% de tus ingresos totales de actividad profesional estuvieron sometidos a retención de IRPF (clínicas, mutuas, aseguradoras), estás legalmente exento de presentar el Modelo 130.

Muchos gestores generalistas presentan este modelo por defecto a todos los médicos, provocando que el profesional adelante miles de euros en liquidez a Hacienda de forma totalmente innecesaria a interés cero durante todo el año fiscal.

El Modelo 303: Autoliquidación del IVA

Solo estás obligado a presentarlo si realizas alguna actividad no exenta de IVA (ver apartado 3). Si toda tu actividad es medicina general o cirugía terapéutica, no debes presentar este modelo.

El Modelo 100: La Declaración de la Renta anual

Es el modelo definitivo. Aquí se cruzan tus rendimientos netos reales de todo el año, las retenciones sufridas (15% o 7%) y los pagos fraccionados realizados en el Modelo 130 (si los hubo). Si las retenciones y adelantos superan lo que te corresponde pagar por tus tramos de IRPF, la declaración saldrá a devolver. Si has pagado de menos, saldrá a ingresar.

3. ¿El médico paga IVA? La exención sanitaria explicada

La exención del IVA en el sector sanitario está regulada en el Artículo 20.Uno.3º de la Ley 37/1992 del IVA. Esta ley establece que están exentos de IVA:

"La asistencia a personas físicas por profesionales médicos o sanitarios, cualquiera que sea la persona destinataria de los servicios."

Esta exención cubre la medicina general, especialidades médicas, odontología, estomatología y fisioterapia. Sin embargo, Hacienda exige un requisito fundamental: el servicio debe consistir en el diagnóstico, prevención o tratamiento de enfermedades.

¿Qué actividades médicas SÍ llevan un 21% de IVA?

Hacienda ha acotado de forma muy estricta qué servicios no cumplen con el fin terapéutico, obligando al médico a facturar con un 21% de IVA en los siguientes casos:

  1. Medicina y Cirugía Estética Pura: Los tratamientos estéticos, cirugías plásticas o tratamientos capilares que se realicen con un fin puramente cosmético, de embellecimiento o de satisfacción personal, sin relación alguna con el tratamiento de una patología, accidente o deformidad congénita. (DGT V1119-20 y V0820-21).
  2. Informes y Peritajes Médicos: Los informes médicos periciales destinados a juicios, valoraciones de incapacidad para aseguradoras o tribunales médicos. Al no tener como fin la curación del paciente sino un fin legal/administrativo, llevan 21% de IVA. (DGT V0136-22).
  3. Ensayos Clínicos e Investigación: La facturación a laboratorios farmacéuticos por actuar como investigador en ensayos clínicos de nuevos medicamentos.
  4. Alquiler de gabinetes o despachos: Si eres dueño de una clínica y alquilas un despacho o gabinete a otro médico o psicólogo autónomo, este alquiler está sujeto a un 21% de IVA.
  5. Cursos y ponencias: La impartición de conferencias o docencia en el ámbito privado que no esté dentro de planes oficiales de estudios.

Actividad Mixta y la Regla de la Prorrata

Si realizas, por ejemplo, un 80% de consultas médicas tradicionales (exentas de IVA) y un 20% de tratamientos de estética pura o peritajes (sujetos a IVA), te encuentras en un régimen de Actividad Mixta.

En este escenario, se aplica la Regla de la Prorrata (General o Especial): * Prorrata General: Si el 20% de tu facturación total lleva IVA, solo podrás deducirte el 20% del IVA de los gastos comunes que tengas en tu actividad (como alquiler de la consulta, suministros, ordenadores, etc.). * Ejemplo práctico de la prorrata: * Facturación anual total: 100.000 € * Ingresos Medicina General (Exento): 80.000 € (80%) * Ingresos Medicina Estética (IVA 21%): 20.000 € (20%) * Gastos de luz, alquiler y software: 10.000 € + 2.100 € de IVA soportado. * Cálculo: Solo te puedes deducir el 20% de ese IVA soportado (420 €). Los 1.680 € restantes no son deducibles como IVA, sino que se computan como un gasto deducible mayor en tu IRPF.

[!TIP] Dominar el IVA Sanitario: Si deseas profundizar al máximo en los cálculos de prorrata general y especial, conocer las últimas sentencias de la DGT sobre estética, peritajes o alquiler de gabinetes y proteger tu clínica, no te pierdas nuestro artículo completo sobre El IVA en la Sanidad y Regla de Prorrata.

4. ¿Qué gastos puede deducirse un médico autónomo?

La deducción de gastos en el IRPF es el mayor foco de inspecciones de Hacienda para el colectivo médico. Para que un gasto sea deducible, debe cumplir tres condiciones obligatorias: 1. Estar vinculado a la actividad económica. 2. Estar convenientemente registrado en tus libros de contabilidad. 3. Estar justificado mediante factura nominativa completa (los tickets o facturas simplificadas no son deducibles en IRPF).

Gastos Plenamente Deducibles

Hacienda no suele poner objeciones a los gastos intrínsecos de la actividad profesional: * Colegiación Obligatoria: Las cuotas del Colegio Oficial de Médicos. * Seguro de Responsabilidad Civil (RC): El seguro médico profesional indispensable para ejercer. * Formación Médica: Congresos, cursos de actualización médica, suscripciones a revistas científicas del sector y libros de medicina. * Consumibles y Material Sanitario: Agujas, guantes, mascarillas, antisépticos y fármacos necesarios en consulta. * Herramientas de software: Programas de gestión de pacientes (LOPD), software de facturación y hosting web. Recuerda que, bajo la estricta Ley Antifraude, tu programa de facturación clínica debe cumplir obligatoriamente con el sistema homologado VeriFactu para médicos y clínicas. * Seguros de Salud: La prima de tu seguro de salud privado (y el de tu cónyuge e hijos menores de 25 años) hasta un límite de 500 € por persona (1.500 € para personas con discapacidad) según el art. 30.2.5.ª de la Ley de IRPF.

Gastos Conflictivos (Ojo con las Inspecciones)

[!CAUTION] Vehículos y Combustible (0% de deducción por defecto): Hacienda presume que el coche del médico se utiliza para fines privados. Salvo que puedas demostrar una afectación del 100% y exclusiva a la actividad (lo cual es facilísimo para un taxista o transportista, pero virtualmente imposible para un médico de consulta), la deducción del vehículo, su amortización, seguro, gasolina y reparaciones es de cero. Las visitas a domicilio esporádicas no justifican la deducibilidad del coche para la AEAT.

  • Suministros del hogar afecto a la actividad (Telemedicina): Si pasas consultas online o haces tareas administrativas desde una habitación de tu vivienda habitual, puedes deducirte los suministros (agua, luz, gas, internet). El cálculo legal (Art. 30.2.5.ª.b de la Ley de IRPF) se hace aplicando el 30% sobre la proporción de metros cuadrados que la habitación ocupa en la casa.
  • Ejemplo: Casa de 100 $m^2$. Habitación despacho de 10 $m^2$ (10%). Factura de luz de 200 €.
  • Cálculo: 10% de 200 € = 20 €. Deducible: 30% de 20 € = 6 €.
  • Teléfono móvil: Solo es deducible al 100% si tienes una línea y terminal dedicados exclusivamente a la actividad profesional, con número público para pacientes y diferenciado de tu línea personal.
  • Dietas y Restauración: Deducibles con límite de 26,67 € diarios en España (53,34 € en el extranjero) si se producen fuera de tu municipio de residencia habitual y de trabajo, y se pagan obligatoriamente con tarjeta de crédito/débito para poder demostrar la trazabilidad del gasto.

5. ¿Me conviene seguir como autónomo o crear una sociedad?

Llega un punto en la trayectoria del médico de éxito en el que el IRPF se convierte en una carga asfixiante. A partir de ciertos niveles de beneficio neto, la constitución de una Sociedad Limitada Profesional (SLP) empieza a ser una alternativa muy atractiva.

El umbral de los 80.000 € a 100.000 €

Como el IRPF es progresivo, si tus beneficios netos (ingresos menos gastos) superan los 80.000 € anuales, tu tipo marginal se situará rápidamente entre el 45% y el 50% según tu comunidad.

En cambio, las sociedades tributan en el Impuesto sobre Sociedades (IS) a un tipo fijo del 25% (o del 15% para sociedades de nueva creación durante el primer ejercicio con beneficios y el siguiente).

Ventajas de la SLP:

  • Tributación controlada: Puedes dejar el excedente de caja dentro de la sociedad (para comprar equipos médicos o invertir en patrimonio inmobiliario) tributando solo al 25% (o 15%), en lugar de pagar IRPF personal al 45%.
  • Protección Patrimonial: La responsabilidad de las deudas empresariales de la clínica se limita al capital de la sociedad, no a tus bienes personales (aunque la responsabilidad por mala praxis médica sigue siendo personal y cubierta por tu seguro de RC).

El Peligro de las Sociedades Interpuestas (Inspección AEAT)

Hacienda vigila de cerca a los médicos que montan sociedades únicamente para pagar menos impuestos de forma artificial. Esto se conoce como Sociedad Interpuesta.

Para que la sociedad sea plenamente legal ante una inspección de la AEAT, debe cumplir dos requisitos insalvables: 1. Medios materiales y humanos reales: La sociedad debe tener una estructura organizativa real (local propio, personal contratado, maquinaria médica). Si la sociedad eres solo tú con un ordenador en tu casa prestando el mismo servicio que hacías como autónomo, Hacienda la disolverá. 2. Operaciones Vinculadas a Valor de Mercado (Art. 18 de la LIS): No puedes facturar tus servicios de cirujano a través de la sociedad y luego asignarte un sueldo personal de 12.000 € para eludir el IRPF. Hacienda exige que la remuneración del socio profesional equivalga al menos al 85% del resultado de la sociedad (o bien a precios de mercado comparables) para evitar el fraude por desviación de rentas personales a sociedades corporativas.

[!IMPORTANT] Dar el Salto Societario: Estructurar legalmente una SLP para evitar inspecciones por sociedades interpuestas requiere ingeniería fiscal de alto nivel. Si quieres conocer los umbrales de rentabilidad consolidados y la protección legal ante contingencias mercantiles, lee nuestro análisis completo sobre el Impuesto de Sociedades en Clínicas (SLP).

6. ¿Cómo tributo si combino sanidad pública y consulta privada?

La combinación del trabajo en el sector público de salud (Sermas, CatSalut, SAS, etc.) con la actividad privada en tu propia consulta o en clínicas es una situación muy habitual entre los facultativos españoles.

Pluriactividad: Nómina + Factura

Esta situación fiscal te obliga a declarar tus ingresos por dos vías totalmente separadas en tu declaración de la renta anual (Modelo 100): 1. Rendimientos del Trabajo: Los ingresos procedentes de tu nómina del hospital público. Llevan una retención mensual directa calculada por el propio hospital. 2. Rendimientos de Actividades Económicas: Los beneficios procedentes de tu actividad privada como médico autónomo.

Ambos rendimientos se suman en la base imponible general de tu IRPF.

[!WARNING] El efecto "sorpresa" en la Renta: Al sumar ambas rentas, tus ingresos totales se disparan en la escala progresiva del IRPF. Es muy habitual que la nómina del hospital esté retenida al 28% o 30%, pero al sumarle el beneficio de la privada, el tipo marginal global de tu Renta salte al 45%. Si no has realizado pagos fraccionados suficientes en el año, la Renta anual te saldrá a pagar con cifras muy elevadas.

Médicos Mutualistas (MUFACE, ISFAS, MUGEJU)

Si perteneces a una mutualidad del Estado y ejerces actividad privada, debes saber que tienes la opción especial de elegir entre cotizar al Régimen Especial de Trabajadores Autónomos (RETA) o acogerte a una Mutualidad de Previsión Social alternativa (como Mutual Médica).

Elegir la mutualidad alternativa suele ofrecer ventajas de flexibilidad y deducibilidad de aportaciones en la base imponible del IRPF (hasta un límite de 1.500 € anuales o el 30% de los rendimientos netos de trabajo y actividades económicas).

7. Los 7 errores fiscales más comunes del médico autónomo (y cómo evitarlos)

  1. Financiar a Hacienda sin intereses mediante el Modelo 130: Presentar y liquidar trimestralmente el 130 cuando más del 70% de tus facturas llevan retención previa. Solución: Solicita la baja del modelo a través de tu asesor mediante declaración censal (Modelo 036/037).
  2. Deducir el IVA de los gastos al 100% en actividad mixta: Deducirse la totalidad del IVA de las compras cuando realizas servicios de estética u otros sujetos a IVA. Solución: Aplica estrictamente la Regla de la Prorrata.
  3. Intentar desgravar el coche personal: Incluir la compra del vehículo habitual o su gasolina en los gastos profesionales. Solución: Exclúyelo salvo que sea un vehículo de uso clínico exclusivo y rotulado.
  4. No recopilar Facturas Completas: Deducir tickets de gasolina, parkings o restaurantes con facturas simplificadas. Solución: Exige siempre factura completa nominativa con tu nombre, NIF y dirección.
  5. No declarar la actividad de peritaje judicial o docencia con IVA: Tratar estos servicios como exentos por el simple hecho de ser médico. Solución: Emite estas facturas siempre con un 21% de IVA y liquida el Modelo 303.
  6. Retribuirse de menos en tu Sociedad Profesional: Tratar de eludir el IRPF asignándote un salario mínimo en tu SLP. Solución: Respeta el límite legal del 85% de operaciones vinculadas.
  7. No guardar un registro digital de los justificantes: Perder facturas físicas o no conservar el registro contable durante los 4 años de prescripción que exige la ley. Solución: Digitaliza todos los documentos en un gestor en la nube con validez fiscal homologada y asegúrate de que tu software contable y de facturación esté plenamente preparado para el sistema VeriFactu.

Preguntas Frecuentes (FAQ)

¿Un médico autónomo tiene que presentar el modelo 130?

No, si al menos el 70% de sus ingresos del año anterior estuvieron sujetos a retenciones de IRPF (por facturar a mutuas, aseguradoras o clínicas).

¿Las consultas médicas llevan IVA?

No, están exentas de IVA siempre que tengan como fin la prevención, diagnóstico o tratamiento de patologías. Los fines puramente estéticos o los informes legales sí llevan 21% de IVA.

¿Puedo deducirme el coche como médico autónomo?

En la práctica no. La Agencia Tributaria exige demostrar que el vehículo se usa el 100% del tiempo de forma exclusiva para la actividad médica, algo casi imposible de probar para Hacienda.

¿Cuánto paga de impuestos un médico que factura 100.000 €?

Depende de sus gastos deducibles. Si tiene 20.000 € de gastos (Rendimiento Neto de 80.000 €), tributará en IRPF a un tipo medio de aproximadamente el 30% - 35% global, pagando unos 24.000 € a 28.000 € anuales de IRPF.

¿Es mejor ser autónomo o montar una sociedad siendo médico?

Se recomienda plantear el paso a Sociedad Limitada Profesional (SLP) cuando el rendimiento neto anual supere de forma consolidada los 80.000 € - 100.000 €, para poder acogerse al tipo fijo del 25% (o 15%) de Sociedades.

¿Quieres blindar tu fiscalidad médica y dejar de pagar de más?

La fiscalidad de los profesionales de la salud en España está sometida al escrutinio constante de Hacienda. Un simple error de enlazado de IVA o una deducción mal planteada puede desembocar en una dolorosa inspección con sanciones e intereses.

En SpainDoctors somos la firma Boutique líder en España dedicada exclusivamente a la ingeniería fiscal y patrimonial de médicos y odontólogos. No somos una gestoría tradicional; actuamos como tu CFO de confianza para proteger el patrimonio y la liquidez de tu consulta.

Agenda una Auditoría Fiscal Gratuita con nuestro equipo y analizaremos sin coste tu estructura actual para detectar fugas de dinero innecesarias.

Aviso Legal: El contenido de esta guía tiene carácter meramente divulgativo e informativo sobre la normativa vigente y no sustituye bajo ningún concepto al asesoramiento personalizado de un profesional fiscal calificado adaptado a tus circunstancias particulares.